بنگلہ دیش میں زونوٹک سمین فومی وائرس ٹرانسمیشن اور مشترکہ انفیکشن کے متنوع نمونوں کی عکاسی کرتا ہے۔

مکمل آرٹیکل اعداد و شمار اور اعداد و شمار کے حوالے حوالہ جات میٹرکس لائسنسنگ ری پرنٹس اور اجازتیں PDF AbstractSimian foamy viruses (SFVs) غیر انسانی پریمیٹ (NHPs) میں ہر جگہ موجود ہیں۔ جیسا کہ تمام ریٹرو وائرس کی طرح ، SFV کی ریورس ٹرانسکرپشن دوبارہ تشکیل اور تغیر کا باعث بنتی ہے۔ چونکہ کسی دوسرے سمین سے پیدا ہونے والے وائرس سے زیادہ انسانوں کو SFV سے متاثر دیکھا گیا ہے، SFV انسانی/NHP انٹرفیس پر وائرس کی وائرولوجی اور وبائی امراض کا مطالعہ کرنے کے لیے ایک ممکنہ طور پر طاقتور ماڈل ہے۔ ایشیا میں، SFV ممکنہ طور پر مکا کے کاٹنے اور خروںچ کے ذریعے انسانوں میں منتقل ہوتا ہے جو روزمرہ کی زندگی کے تناظر میں ہوتا ہے۔ ہم نے بنگلہ دیش میں انسانی/این ایچ پی انٹرفیس پر ریٹرو وائرل ٹرانسمیشن کو نمایاں کرنے کے لیے انسانوں اور مکاکوں دونوں سے SFV گیگ جین سے متعدد پروائرل تسلسل کا تجزیہ کیا۔ یہاں ہم اس بات کے شواہد کی اطلاع دیتے ہیں کہ انسان بیک وقت ایک سے زیادہ SFV تناؤ سے متاثر ہو سکتے ہیں، کچھ افراد ایک خودمختار SFV تناؤ کے ساتھ ساتھ SFV سے ملتا جلتا تناؤ کسی دوسرے جغرافیائی علاقے سے میکاک میں پائے جانے والے تناؤ سے متاثر ہوتے ہیں۔ یہ اعداد و شمار، پچھلے نتائج کے ساتھ مل کر، تجویز کرتے ہیں کہ دونوں مکاکوں کی انسانی سہولت کی نقل و حرکت جس کے نتیجے میں SFV کے غیر رہائشی تناؤ کا تعارف ہوتا ہے اور macaques میں retroviral recombination بنگلہ دیش میں انسانوں میں SFV تنوع میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ ٹرانسمیشن کا تعارف فومی وائرس (FVs) ریٹرو وائرسز کا ایک ذیلی خاندان ہے جو بڑے پیمانے پر فقاری میزبانوں میں تقسیم کیا جاتا ہے، بشمول غیر انسانی پریمیٹ، بلیوں، گائے اور گھوڑے۔ Clin Microbiol Rev2001؛ 14:165–176۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FVs قدیم خارجی وائرس ہیں جو میزبانوں کے درمیان مؤثر طریقے سے منتقل ہوتے ہیں لیکن بیماری کا سبب نہیں جانتے ہیں۔ جھاگ والے وائرس اور پریمیٹ۔ فطرت2005؛434:376–380۔ [کراسریف]، [ویب آف سائنس ®]، [گوگل اسکالر] اگرچہ غیر انسانی پریمیٹ (NHPs) میں تقریباً ہر جگہ موجود ہے، سمین فومی وائرس (SFV) ہومو سیپینز میں مقامی نہیں ہے۔ SFV کے ساتھ انسانوں کے زونوٹک انفیکشن کا پہلے بھی کئی ممالک میں پتہ چلا ہے اور شمالی امریکہ میں NHP لیبارٹری اور چڑیا گھر کے کارکنان، 'بندر کے مندر' کے کارکنان، پالتو جانوروں کے مالکان اور جنوبی اور جنوب مشرق میں آزادانہ مکاکوں کے آس پاس رہنے والے افراد سمیت مختلف نسلوں کے رابطے کے مختلف سیاق و سباق میں۔ وسطی افریقہ میں ایشیا اور جھاڑیوں کے گوشت کے شکاری 3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 اور انسانوں میں سمین فومی ریٹرو وائرس: دریافت، وبائی امراض، کراس اسپیسز ٹرانسمیشن اور مالیکیولر وائرولوجی۔ وائرولوجی 2013 435 187: 199-100۔ [کراس ریف] ، [گوگل سکالر] آج تک ، این ایچ پی سے انسان میں ٹرانسمیشن> 3 افراد میں دستاویزی کی گئی ہے ، جو دیگر معروف این ایچ پی سے پیدا ہونے والے ریٹرو وائرس کے لیے کراس پرجاتیوں کے ٹرانسمیشن ایونٹس کی تعداد سے کہیں زیادہ ہے۔ , simian retrovirus D یا simian T-cell lymphotrophic virus.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-4/XNUMX اور انسانوں میں simian foamy retroviruses: Discovery, Epidemiology, Cross-Species Transmission and molecular virology . وائرولوجی 2013؛ 435:187–199۔ [Crossref], [Google Scholar],4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. simian immunodeficiency virus کے ساتھ لیبارٹری کے کارکن کا انفیکشن۔ این انگل جے میڈ 1994؛ 330:172–177۔ [Crossref], [Google Scholar],5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al. پیشہ ورانہ طور پر غیر انسانی پریمیٹ کے سامنے آنے والے افراد میں سمین قسم D ریٹرو وائرس کے انفیکشن کے ثبوت۔ J Virol2001؛ 75:1783–1789۔ [Crossref], [Google Scholar],6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. پیشہ ورانہ طور پر غیر انسانی پریمیٹ کے سامنے آنے والے افراد میں بار بار سمین فومی وائرس کا انفیکشن۔ J Virol2004؛ 78:2780–2789۔ [Crossref] ، [Web of Science ®] ، [Google Scholar] ، 7Kalish ML ، Wolfe ND ، Ndongmo CBet al. سینٹرل افریقی شکاری سیمین امیونو ڈیفیسیئنسی وائرس کے سامنے ہیں۔ ایمرج انفیکٹ ڈس 2005 11 1928: 1930–8۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] NHP میں SFV کے زیادہ پھیلاؤ اور انسانوں اور NHP کے درمیان انٹرفیس کے تنوع اور حد کو دیکھتے ہوئے، یہ اندازہ لگایا گیا ہے کہ عالمی سطح پر متاثرہ افراد کی تعداد دسیوں تک پہنچ سکتی ہے۔ ہزاروں میں سے XNUMX. اینجل جی، ہنگر فورڈ ایل ایل، جونز-اینجل لیٹ ال. رسک اسیسمنٹ: میکاک (ایم. fascicularis) بالی، انڈونیشیا میں بندر کے مندر میں انسانوں کے لیے۔ ایم جے پریمیٹول 2006؛ 68:934–948۔ [Crossref], [Google Scholar],9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel simian foamy وائرس کے انفیکشن ڈیموکریٹک ریپبلک آف کانگو کی خواتین میں بندر کی متعدد اقسام سے۔ Retrovirology2012؛ 9:100۔ [کراسریف]، [گوگل اسکالر] مزید برآں، SFV سے متاثرہ انسانوں کے چند طولانی مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ SFV ایک شخص سے دوسرے میں منتقل نہیں ہوتا ہے۔ جھاگ والے وائرس. AIDS Res Hum Retroviruses2007؛ 23:1330–1337۔ [کراسریف]، [ویب آف سائنس ®]، [گوگل اسکالر] اس طرح، ایس ایف وی کی زونوٹک ٹرانسمیشن پر اثر انداز ہونے والے عوامل کی خصوصیت یہ سمجھنے کے لیے بہترین عصری ماڈل فراہم کر سکتی ہے کہ کچھ NHP وائرس کس طرح اور کیوں انسانوں کو مسلسل نقصان پہنچانے کی صلاحیت رکھتے ہیں۔ -انسانی ٹرانسمیشن۔ ہمارے گروپ نے بنگلہ دیش میں انسانوں اور NHP کے درمیان انٹرفیس کا پچھلے 6 سالوں میں مطالعہ کیا ہے، جس میں متعدی ایجنٹوں کی کراس اسپیشیز ٹرانسمیشن پر توجہ دی گئی ہے۔ بنگلہ دیش میں ، 11-2007۔ J Virol2013؛ 87:558–571۔ [کراس ریف] ، [گوگل سکالر] ، 12 اوبرسٹ ایم ایس ، فیروز ایم ایم ، مہر کیٹ ال ڈھاکہ چڑیا گھر میں غیر انسانی پریمیٹس میں فطری طور پر پکورنا وائرس کے انفیکشن حاصل کیے۔ J Virol2013؛ 87:572–580۔ [کراس ریف] ، [گوگل سکالر] ، 13 کارلسن ای اے ، اینجل جی اے ، فیروز ایم میٹ ال غیر انسانی پریمیٹس میں انفلوئنزا وائرس انفیکشن۔ ایمرج انفیکٹ ڈس2012؛ 18:1672–1675۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] بنگلہ دیش دنیا کے سب سے زیادہ گنجان آباد ممالک میں سے ایک ہے، جس کے بہت سے شہری علاقے NHP رہائش گاہوں کے اندر یا اس کے قریب واقع ہیں۔ کئی NHP ٹیکسا بنگلہ دیش سے ہیں، جن میں ریشس میکاک (مکاکا مولٹا) سب سے زیادہ اور وسیع پیمانے پر تقسیم کیا جاتا ہے۔ سائز اور ساخت. Primate Conserv2013؛ 26:115–124۔ [کراسریف]، [گوگل اسکالر] جیسے جیسے جنگل کا مسکن کم ہوتا جا رہا ہے، چھوٹے، ماحولیاتی طور پر لچکدار ریشس انسانی تبدیل شدہ رہائش گاہوں میں پروان چڑھتے ہیں، خاص طور پر ان علاقوں میں جہاں ثقافتی رویے ان کی رواداری کی حوصلہ افزائی کرتے ہیں۔ بنگلہ دیش میں ریسس میکاک اور اس سے وابستہ فومی وائرس کا۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن] ، [گوگل سکالر] اگرچہ انسانوں اور ریسس ماکاکس کے درمیان رابطہ بنیادی طور پر ان کمیونٹیز میں ہوتا ہے جہاں ماکاک آزادانہ طور پر ہوتے ہیں ، یہ مذہبی مزارات پر بھی ہوتا ہے جو مکاکوں کے لیے پناہ گاہ بن جاتے ہیں اور ماکیک پالتو جانوروں کی ملکیت کے ذریعے۔ اس کے علاوہ، خانہ بدوش لوگ، جنہیں مختلف ناموں سے بادے، یا قلندر کہا جاتا ہے، صدیوں سے اس خطے کا سفر کر چکے ہیں، اور تربیت یافتہ مکاؤ کے ساتھ پرفارمنس کر کے روزی روٹی کماتے ہیں۔ افریقہ کے برعکس، بنگلہ دیش میں جھاڑیوں کے گوشت کے لیے بندروں کا شکار شاذ و نادر ہی ہوتا ہے، یہ صرف چٹاگانگ پہاڑی علاقوں کے مقامی لوگوں تک محدود ہے جو میانمار سے متصل ہیں۔ بنگلہ دیش کے چٹاگانگ پہاڑی علاقوں میں مرو قبیلہ۔ Int J Biodiversity Sci Manage2007؛ 3:56–62۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر]ایس ایف وی کی NHP سے انسان میں منتقلی عام طور پر کاٹنے کے ذریعے ہوتی ہے۔ SFV متاثرہ بندروں کی زبانی mucosae میں فعال طور پر نقل کرتا ہے، تھوک میں زیادہ ارتکاز حاصل کرتا ہے، جہاں جینومک اور mRNAs کا آسانی سے پتہ لگایا جا سکتا ہے۔ حوصلہ افزائی immunosuppression. جے ویرول 2006 80 663: 670-XNUMX۔ [کراسریف]، [گوگل اسکالر] تاہم، اس بارے میں نسبتاً کم معلوم ہے کہ میزبان یا وائرل خصوصیات SFV ٹرانسمیشن کو کس طرح متاثر کرتی ہیں۔ یہاں تک کہ شدید کاٹنے سے بھی معتبر طور پر انفیکشن نہیں ہوتا ہے۔ Retrovirology2012؛ 9:100۔ [کراسریف]، [گوگل اسکالر] اس کے برعکس، دستاویزی انفیکشن والے کچھ انسانوں کو NHP یا NHP ٹشو کے لیے اہم نمائش یاد نہیں آتی۔ زونوٹک SFV ٹرانسمیشن اور انفیکشن سے متعلق دیگر اہم سوالات حل طلب ہیں۔ مثال کے طور پر، جب کہ کچھ SFV سے متاثرہ انسانوں میں کئی دہائیوں سے مسلسل ڈی این اے کا پتہ چلا ہے۔ دوسرے افراد SFV کے لیے اینٹی باڈیز بغیر کسی قابل شناخت پروائرل DNA کے تیار کرتے ہیں۔ 3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 اور انسانوں میں سمین فومی ریٹرو وائرس: دریافت، وبائی امراض، کراس اسپیس ٹرانسمیشن اور مالیکیولر وائرولوجی۔ وائرولوجی 2013؛ 435:187–199۔ [کراسریف]، [گوگل اسکالر] یہ دریافت کرنا باقی ہے کہ آیا کچھ افراد انفیکشن کو صاف کرتے ہیں، یا کیا کچھ وائرل تناؤ مستقل مزاجی کے زیادہ قابل ہوتے ہیں۔ اس بات کا تعین کرنے کے لیے مزید تحقیق کی ضرورت ہے کہ آیا، SIV/HIV کے مشابہ، جس میں ایک ناول میزبان میں ریٹرو وائرل تناؤ کے درمیان دوبارہ ملاپ وبائی وائرس کے ارتقاء کا پیش خیمہ تھا، اس بات کا ثبوت موجود ہے کہ SFVs انسانی میزبانوں میں دوبارہ جمع ہوتے ہیں۔ اس بات کا تعین کرنے کے لیے کچھ مطالعہ کیے گئے ہیں کہ آیا تھوک میں SFV کا ارتکاز زونوٹک ٹرانسمیشن کو متاثر کرتا ہے یا نہیں، یا انسانی مدافعتی ردعمل کس طرح انفیکشن یا مسلسل ویرمیا کو سہولت فراہم کرتا ہے یا اسے روکتا ہے (Soliven et al. اور Matsen et al.، غیر مطبوعہ)۔ اور جب کہ دوسرے جغرافیائی علاقوں اور انسانی-مکاک رابطے کے دیگر سیاق و سباق میں جمع کیے گئے ڈیٹا نے یہ بصیرت فراہم کی ہے کہ کس طرح آبادیاتی متغیرات اور میکاک اور انسانی رویے مکاک پر انسانی جارحیت کے امکان میں حصہ ڈالتے ہیں، نسبتاً کم معلوم ہے کہ یہ متغیرات ریٹرو وائرل پر کیسے اثر انداز ہوتے ہیں۔ transmission.18Fuentes A, Gamerl S. Padangtegal Monkey Forest, Bali, Indonesia میں لمبی دم والے macaques (Macaca fascicularis) اور انسانی سیاحوں کے درمیان جارحانہ تعاملات میں عمر/جنسی طبقوں کے لحاظ سے غیر متناسب شرکت۔ ایم جے پریمیٹول 2005؛ 66:197–204۔ [Crossref], [Google Scholar]یہاں ہم بنگلہ دیش میں متعدد سائٹوں پر اور بندر کے مالکان کی کارکردگی کا مظاہرہ کرنے والے rhesus macaques اور SFV کے ساتھ انفیکشن کے انسانی نمائش کو بیان کرنے والا ڈیٹا پیش کرتے ہیں۔ زیادہ تر دیگر مطالعات نے پول جین (انٹیگریس) کے ایک علاقے پر توجہ مرکوز کی ہے، جو انتہائی محفوظ ہے اور اس طرح کسی نوع کے متاثرہ افراد میں پایا جانے والا SFV تغیر ظاہر نہیں کر سکتا۔ ہم نے پورے خون سے متعدد کلون حاصل کیے ہیں اور SFV گیگ جین کے ایک حصے کو ترتیب دیا ہے، جس کا انتخاب زیادہ SFV جینیاتی تغیرات کو ظاہر کرنے کے لیے پول پر کیا گیا ہے، اور انسانوں میں پائے جانے والے وائرس کے موازنہ کے لیے ترتیب کے اعداد و شمار کا استعمال کیا گیا ہے جس کے ساتھ وہ بات چیت کرتے ہیں۔ . ہم یہ ظاہر کرتے ہیں کہ انسان بیک وقت متعدد SFV تناؤ سے متاثر ہو سکتے ہیں۔ کچھ افراد ایک آٹوچتھونس (جہاں سے پایا جاتا ہے) SFV تناؤ کے ساتھ ساتھ دوسرے جغرافیائی علاقوں کے مکاکوں میں پائے جانے والے SFV سے ملتا جلتا تناؤ دونوں سے متاثر ہوتے ہیں۔ انسانوں میں SFV کی زونوٹک ٹرانسمیشن کے لیے بڑھتی ہوئی عمر ایک اہم خطرے کا عنصر تھا۔ خواتین کی جنس اور ہندو مذہب بھی بڑھتے ہوئے خطرے سے منسلک ہو سکتے ہیں۔ یہ اعداد و شمار ہمارے پچھلے نتائج15فیروز ایم ایم، سولیوین کے، سمال سی ٹی ایٹ ال پاپولیشن ڈائنامکس آف ریسس میکاک اور بنگلہ دیش میں اس سے منسلک فومی وائرس کے ساتھ مل کر ہیں۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] تجویز کرتے ہیں کہ انسانوں کی سہولت سے مکاؤ کی نقل و حرکت، متعدد SFV انفیکشن اور ریٹرو وائرل ری کنبینیشن سبھی بنگلہ دیش میں ریٹرو وائرل تنوع میں اہم کردار ادا کرتے ہیں۔ مواد اور طریقہ مطالعہ سائٹس اور آبادی مطالعہ کی آبادی میں 209 انسانی مضامین شامل تھے جن کے نمونے پانچ کمیونٹیز میں لیے گئے تھے۔ سائٹس (سلہٹ، بورمی، دھامرائی، نارائن گنج اور چارماگوریہ) کے ساتھ ساتھ 13 پرفارم کرنے والے بندر مالکان جن کا تعلق خانہ بدوش گروپ سے ہے جو اپنے تربیت یافتہ مکاکوں کی نمائش کرتے ہوئے اسٹیج پرفارم کرتے ہیں۔ کمیونٹی سائٹس 2007 میں ان مقامات پر قائم کی گئی تھیں جہاں مکاؤ آزادانہ طور پر رہتے ہیں اور جہاں کے رہائشی متعدی ایجنٹوں کی کراس اسپیسز ٹرانسمیشن پر طولانی تحقیق میں حصہ لینے کے لیے تیار تھے۔ ہم نے موقع پرست بندر کے مالکان کا نمونہ لیا، جب ہم نے اپنی کمیونٹی اسٹڈی سائٹس پر جاتے ہوئے یا ان سے ان کا سامنا کیا۔ بنگلہ دیش کے بندروں میں SFV تنوع کا تجزیہ ہمارے ساتھی مطالعہ میں پیش کیا گیا ہے۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] اس مطالعہ کا ڈیٹا بھی موجودہ مطالعہ میں چھان بین کی گئی میکاک ایس ایف وی ڈیٹا سیٹ کا حصہ ہے۔ یہاں ہم اس مطالعے میں شامل فیلڈ سائٹس (شکل 1) کی ایک مختصر تفصیل پیش کرتے ہیں۔ بنگلہ دیش میں زونوٹک سمین فومی وائرس ٹرانسمیشن اور مشترکہ انفیکشن کے متنوع نمونوں کی عکاسی کرتا ہے تمام مصنفین گریگوری اے اینجل، کرسٹوفر ٹی سمال، خان سولیون، مصطفی ایم فیروز، ژاؤکسنگ وانگ، ایم کمر الحسن، گنوا اوہ، ایس ایم ربیع العالم، کیرن ایل کریگ، ڈیانا Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60آن لائن شائع: 25 جنوری 2019Figure 1 نمونے لینے کے مقامات اور SFV تناؤ کا تنوع جو زونوٹک طور پر متاثرہ انسانوں میں پایا جاتا ہے۔ پورے بنگلہ دیش میں پانچ شہری مقامات پر انسانی مضامین کا انٹرویو کیا گیا اور ان کا نمونہ لیا گیا جہاں ریشس میکاک آزادانہ تھے۔ ہم نے حال ہی میں دکھایا ہے کہ ان سائٹس میں سے ہر ایک پر SFV کے بنیادی تناؤ کا پتہ لگایا جا سکتا ہے۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] ریسس ایس ایف وی بنیادی تناؤ اس نقشے پر رنگین کوڈ شدہ ہیں۔ انسانی مضامین کے لیے ('BGH' سے اشارہ کیا جاتا ہے) جو SFV سے متاثر پائے گئے، ہم نے پورے خون سے متعدد کلون حاصل کیے اور SFV گیگ جین کے ایک حصے کو ترتیب دیا۔ ترتیب کے اعداد و شمار کا استعمال انسانوں میں پائے جانے والے وائرس کا اس سائٹ سے میکاک میں پائے جانے والے وائرس سے موازنہ کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔ BGH شناخت کنندگان میں سے ہر ایک کے آگے دائرے کا رنگ SFV تناؤ کی نشاندہی کرتا ہے جو ان انسانوں میں پایا گیا تھا۔ نوٹ کریں کہ مضامین میں سے چار بیک وقت متعدد SFV تناؤ سے متاثر ہوئے تھے اور یہ کہ کچھ افراد ایک آٹوچتھونس (جہاں سے پایا جاتا ہے) SFV تناؤ کے ساتھ ساتھ دوسرے جغرافیائی علاقوں کے مکاکوں میں پائے جانے والے SFV سے ملتا جلتا تناؤ دونوں سے متاثر ہوتے ہیں۔ nks ، کوئی معلوم ذریعہ نہیں۔ مکمل سائز دکھائیں شکل 1 نمونے لینے کے مقامات اور SFV تناؤ کا تنوع جو زونوٹک متاثرہ انسانی مضامین میں پایا جاتا ہے۔ پورے بنگلہ دیش میں پانچ شہری مقامات پر انسانی مضامین کا انٹرویو کیا گیا اور ان کا نمونہ لیا گیا جہاں ریشس میکاک آزادانہ تھے۔ ہم نے حال ہی میں دکھایا ہے کہ ان سائٹس میں سے ہر ایک پر SFV کے بنیادی تناؤ کا پتہ لگایا جا سکتا ہے۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] ریسس ایس ایف وی بنیادی تناؤ اس نقشے پر رنگین کوڈ شدہ ہیں۔ انسانی مضامین کے لیے ('BGH' سے اشارہ کیا جاتا ہے) جو SFV سے متاثر پائے گئے، ہم نے پورے خون سے متعدد کلون حاصل کیے اور SFV گیگ جین کے ایک حصے کو ترتیب دیا۔ ترتیب کے اعداد و شمار کا استعمال انسانوں میں پائے جانے والے وائرس کا اس سائٹ سے میکاک میں پائے جانے والے وائرس سے موازنہ کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔ BGH شناخت کنندگان میں سے ہر ایک کے آگے دائرے کا رنگ SFV تناؤ کی نشاندہی کرتا ہے جو ان انسانوں میں پایا گیا تھا۔ نوٹ کریں کہ مضامین میں سے چار بیک وقت متعدد SFV تناؤ سے متاثر ہوئے تھے اور یہ کہ کچھ افراد ایک آٹوچتھونس (جہاں سے پایا جاتا ہے) SFV تناؤ کے ساتھ ساتھ دوسرے جغرافیائی علاقوں کے مکاکوں میں پائے جانے والے SFV سے ملتا جلتا تناؤ دونوں سے متاثر ہوتے ہیں۔ nks، کوئی معروف ذریعہ نہیں۔ سلہٹ ملک کے شمال مشرقی حصے میں واقع، ہندوستان کے صوبہ آسام کے ساتھ سرحد کے 35 کلومیٹر کے اندر، سلہٹ بنگلہ دیش کا تیسرا بڑا شہر ہے۔ شہر کے وسط میں واقع شاہ جلال کے مزار پر تقریباً 125 مکاکوں کی آبادی پائی جاتی ہے۔ سلہٹ کے مکاؤ مزار کی جگہ اور فوراً ملحقہ محلے تک پھیلے ہوئے ہیں۔ شاہ جلال کے مکاؤ کو مزار کے عملے کے ذریعہ باقاعدگی سے فراہم کیا جاتا ہے اور اکثر مزار پر آنے والوں سے کھانا وصول کرتے ہیں۔ درگاہ کے قریب رہنے والے چودہ انسانی مضامین نے مطالعہ میں حصہ لیا۔ کھانے کا. اگرچہ بورمی کے کچھ باشندے کبھی کبھار مکاؤ کو کھانا پیش کرتے ہیں، لیکن وہاں کوئی منظم انتظام نہیں ہے۔ بورمی کے کل 105 انسانی مضامین نے اس تحقیق میں حصہ لیا۔ دھامرائی کا قصبہ بورمی سے 40 کلومیٹر جنوب مغرب میں واقع ہے۔ تقریباً 75-100 مکاک آزادانہ طور پر دھامرائی کے ذریعے آتے ہیں۔ مکاؤ بڑے سایہ دار اور پھل دار درختوں والے علاقوں کو پسند کرتے ہیں، جو ہندو محلوں میں زیادہ پائے جاتے ہیں۔ جیسا کہ برمی میں ، مکاک کی کوئی منظم فراہمی نہیں ہے۔ اس ڈیٹاسیٹ میں دھامرائی کے نو مضامین شامل کیے گئے تھے۔ نارائن گنج نارائن گنج ڈھاکہ سے تقریباً 20 کلومیٹر جنوب میں ایک گنجان آباد بندرگاہی شہر ہے۔ اس علاقے میں rhesus macaque کی آبادی مسلسل کم ہوتی جا رہی ہے کیونکہ شہری ترقی سبز جگہوں کو بے گھر کر دیتی ہے۔ اس شہر میں ایک اندازے کے مطابق 60 مکاکوں کا انتظام نہیں ہے اور وہ انسانوں کے لیے اچھی طرح سے عادی نہیں ہیں۔ نارائن گنج کے چھتیس انسانی مضامین نے مطالعہ میں حصہ لیا۔چارماگوریہ چارماگوریہ ڈھاکہ سے 150 کلومیٹر جنوب/جنوب مغرب میں دریائے پدما کے ساتھ واقع ہے۔ اس علاقے میں> 200 مکاک ایک مقامی تنظیم کے ذریعہ ایک مرکزی مقام پر مہیا کیے گئے ہیں، اور اس چھوٹے سے شہر میں وافر سبز علاقے قدرتی راہداری فراہم کرتے ہیں جن کے ساتھ جانور وسیع پیمانے پر رہتے ہیں۔ چارماگوریہ کے پینتالیس انسانی مضامین نے مطالعہ میں حصہ لیا۔ بھرتی، باخبر رضامندی اور نمونے لینے کے پروٹوکول، بشمول SFV مثبت افراد کی پیروی، کو یونیورسٹی آف واشنگٹن کے ہیومن سبجیکٹس ریویو بورڈ (23055) اور ایک یکساں جائزہ بورڈ نے منظور کیا ہے۔ جہانگیر نگر یونیورسٹی، بنگلہ دیش۔ انسانی مضامین کے حیاتیاتی اور آبادیاتی اعداد و شمار کو منفرد، گمنام شناخت کنندگان کے ساتھ کوڈ کیا گیا تھا جو 'BanGladesh Human' (BGH) سے شروع ہوا تھا۔ ہر کمیونٹی سائٹ پر، بنگلہ دیشی ٹیم کے اراکین نے پڑوس کے رہنماؤں سے رابطہ شروع کیا اور ڈیٹا اکٹھا کرنے کے لیے مکاؤ کی حدود میں ایک مرکزی مقام کی نشاندہی کی۔ اس کے بعد بنگلہ دیشی ٹیم کے ارکان نے کمیونٹی کے رہائشیوں کے ساتھ شراکت کی اور پیدل چل کر ان لوگوں کی شرکت کی درخواست کی جنہوں نے خود کو مکاک کے کاٹنے یا زخمی ہونے کے طور پر شناخت کیا۔ مضامین کے لیے شمولیت کے معیار میں 18 سال سے زیادہ عمر ، این ایچ پی میں خود رپورٹ ہونے والی نمائش اور/یا گاؤں میں طویل مدتی (> 20 سال) رہائش شامل ہے۔ تمام مضامین سے تحریری باخبر رضامندی حاصل کی گئی تھی۔ ڈیموگرافک ڈیٹا اور ڈیٹا جو کہ NHP کی نمائش کو بیان کرتا ہے ایک سوالنامے کے ذریعے حاصل کیا گیا تھا جسے ٹیم کے ایک رکن نے مقامی زبان بنگالی میں دیا تھا۔ ہر مضمون کی اینٹی کیوبیٹل رگ سے دس ملی لیٹر پورے خون کو ایک ٹیوب میں جمع کیا گیا تھا جس میں ایتھیلین ڈائیمین ٹیٹراسیٹک ایسڈ تھا، جسے برف پر 12 گھنٹے سے زیادہ نہیں رکھا جاتا تھا، پھر سینٹرفیوج کیا جاتا تھا۔ تجزیہ ہونے تک پورے خون اور پلازما ایلی کوٹس کو −80 ° C پر محفوظ کیا گیا تھا۔ واٹ مین جراثیم سے پاک اومنی سویبس (واٹ مین، پسکاٹا وے، این جے، یو ایس اے) بکل میوکوسل نمونے حاصل کرنے کے لیے استعمال کیے گئے تھے۔ جھاڑیوں کو فوری طور پر 500 µL Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) میں برف پر 12 گھنٹے سے زیادہ کے لیے ٹھنڈا کیا گیا اور تجزیہ کیے جانے تک −80 ° C پر منجمد ہونے سے پہلے۔ یہ طریقے بنیادی طور پر ان طریقوں سے ملتے جلتے ہیں جو ہم نے macaques.15Feeroz MM، Soliven K، Small CTet al. پاپولیشن ڈائنامکس آف rhesus macaques اور بنگلہ دیش میں اس سے وابستہ فومی وائرس سے حاصل کیے گئے حیاتیاتی نمونے حاصل کرنے اور ذخیرہ کرنے کے لیے استعمال کیے تھے۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر]تصدیق شدہ SFV مثبت انسانوں کے نمونے دوبارہ لیں . SFV مثبت مضامین کی پیروی کے نمونے لینے کے لئے حیاتیاتی نمونہ جمع کرنے کے پروٹوکول وہی تھے جو ابتدائی نمونے لینے کے دوران استعمال کیے گئے تھے۔ اس کے علاوہ، SFV مثبت مضامین کا ایک مختصر جسمانی معائنہ کیا گیا اور ایک گہرائی سے طبی تاریخ جمع کی گئی۔ اس پروجیکٹ کے لیے ہمارے ساتھی نسخہ 15 فیروز ایم ایم، سولیون کے، سمال سی ٹی ایٹ ال۔ بنگلہ دیش میں ریسس میکاک اور اس سے منسلک فومی وائرس کی آبادی کی حرکیات۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] جانوروں کے تمام نمونے اور لیبارٹری پروٹوکول فراہم کرتا ہے۔ موجودہ مطالعہ (شکل 184) میں کل 2 ریشس میکاکس سے SFV گیگ کی ترتیب شامل ہیں۔ ہم چار ڈیٹس سے حاصل کردہ اس ڈیٹاسیٹ تسلسل میں بھی شامل ہیں ، دو دھامرائی سے اور دو برمی سے ، کہ ہم ان کے ابتدائی نمونے لینے کے دو سال بعد دوبارہ نمونے لینے کے قابل تھے۔ بنگلہ دیش میں زونوٹک سمین فومی وائرس ٹرانسمیشن اور مشترکہ انفیکشن کے متنوع نمونوں کی عکاسی کرتا ہے تمام مصنفین گریگوری اے اینجل، کرسٹوفر ٹی سمال، خان سولیون، مصطفی ایم فیروز، ژاؤکسنگ وانگ، ایم کمر الحسن، گنوا اوہ، ایس ایم ربیع العالم، کیرن ایل کریگ، ڈیانا Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60 آن لائن شائع ہوا: 25 جنوری 2019 شکل 2 نمونے لینے کی آبادی سے بندروں کے لیے خون کے تناؤ کی درجہ بندی۔ ہر بندر کے لیے، بندروں کے نمونے لینے کی آبادی سے مماثل ایک کلر بار (A) میں پیش کیا گیا ہے، اور (B) میں دکھائے گئے اس بندر کے خون کے نمونے کے اندر دیکھے گئے تناؤ کے مطابق رنگین ٹائلیں پیش کی گئی ہیں۔ غیر بنیادی تناؤ کو والدین کے تناؤ کے ساتھ قائم ہونے والے دوبارہ پیدا ہونے والے تعلقات کے مطابق لیبل لگایا جاتا ہے۔ مثبت مماثلتوں کی تعریف cBrother کے تجزیے میں 90 یا اس سے زیادہ ملحقہ بیس جوڑوں کے لیے کم از کم 200% امکانات سے ہوتی ہے۔ کم از کم 200 nt کے لیے اس حد سے اوپر والے والدین کے تناؤ سے نہ ملنے والے جینوم کے علاقوں کو nks (کوئی معلوم ذریعہ نہیں) کے طور پر نشان زد کیا گیا تھا۔ یہ اس مطالعہ کے ساتھی کاغذ کے اعداد و شمار کا ایک آسان ورژن ہے، 15 فیروز ایم ایم، سولیوین کے، سمال سی ٹی ایٹ ال۔ ریسس میکاک کی آبادی کی حرکیات اور بنگلہ دیش میں اس سے وابستہ فومی وائرس۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] لیکن تازہ ترین تناؤ کی درجہ بندی کے ساتھ۔ مکمل سائز دکھائیں شکل 2 نمونے لینے والے آبادیوں سے بندروں کے لیے خون کے تناؤ کی درجہ بندی۔ ہر بندر کے لیے، بندروں کے نمونے لینے کی آبادی سے مماثل ایک کلر بار (A) میں پیش کیا گیا ہے، اور (B) میں دکھائے گئے اس بندر کے خون کے نمونے کے اندر دیکھے گئے تناؤ کے مطابق رنگین ٹائلیں پیش کی گئی ہیں۔ غیر بنیادی تناؤ کو والدین کے تناؤ کے ساتھ قائم ہونے والے دوبارہ پیدا ہونے والے تعلقات کے مطابق لیبل لگایا جاتا ہے۔ مثبت مماثلتوں کی تعریف cBrother کے تجزیے میں 90 یا اس سے زیادہ ملحقہ بیس جوڑوں کے لیے کم از کم 200% امکانات سے ہوتی ہے۔ کم از کم 200 nt کے لیے اس حد سے اوپر والے والدین کے تناؤ سے نہ ملنے والے جینوم کے علاقوں کو nks (کوئی معلوم ذریعہ نہیں) کے طور پر نشان زد کیا گیا تھا۔ یہ اس مطالعہ کے ساتھی کاغذ کے اعداد و شمار کا ایک آسان ورژن ہے، 15 فیروز ایم ایم، سولیوین کے، سمال سی ٹی ایٹ ال۔ ریسس میکاک کی آبادی کی حرکیات اور بنگلہ دیش میں اس سے وابستہ فومی وائرس۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] لیکن تازہ ترین تناؤ کی درجہ بندی کے ساتھ۔ ایس ایف وی کا پتہ لگانا مغربی بلاٹ ریسس میکاک فبروبلاسٹ ٹیلو-آر ایف سیل لائن19 کرچوف وی، وونگ ایس، سینٹ جے ایس، پاری جی ایس۔ فائبرو سیل کے لیے لائف ایکسپینڈ ریسس بندر لائن کی جنریشن rhesus rhadinovirus (RRV) کی نشوونما۔ آرک ویرول2002؛ 147:321–333۔ [کراس ریف] ، [گوگل سکالر] ایس ایف وی ایم سے متاثر ہوا تھا۔ مولٹا یا ایم۔ fascicularis، یا غیر متاثرہ چھوڑ دیا. 48 گھنٹے کے بعد، خلیات کو 1× سوڈیم ڈوڈیسائل سلفیٹ نمونہ بفر (50 ایم ایم ٹریس-ایچ سی ایل (پی ایچ 6.8)، 10٪ گلیسرول، 2٪ سوڈیم ڈوڈیسائل سلفیٹ، 5٪ 2-مرکاپٹوتھانول، 0.01٪ بروموفینول اور نمونہ بلیو) میں ڈالا گیا۔ 10٪ پولی کریلامائڈ جیل کے ذریعے ٹرافورسڈ۔ پولی وینیلائیڈین ڈائی فلورائیڈ جھلیوں (ملی پور بلریکا، ایم اے، یو ایس اے) میں پروٹین کی منتقلی کے بعد، جھلیوں کو فاسفیٹ بفرڈ نمکین + 0.05% ٹوین-20 میں بلاک کر دیا گیا جس میں 2% غیر چکنائی والا خشک دودھ تھا، اور پانی سے دھو کر خشک ہونے کے لیے چھوڑ دیا گیا۔ سٹرپس بنائی گئی تھیں، جن میں سے ہر ایک تین لین پر مشتمل تھا (مالیکیولر ویٹ مارکر، غیر متاثرہ Telo-RF اور متاثرہ Telo-RF سیل لائسیٹس) اور پرائمری اینٹی باڈی (ہیومن پلازما) کو 1∶20 کم کرنے پر شامل کیا گیا تھا اور رات بھر 4 °C پر انکیوبیٹ کیا گیا تھا۔ سٹرپس کو تین بار فاسفیٹ بفرڈ نمکین + 0.05% Tween-20 میں ثانوی بکری اینٹی ہیومن ہارس ریڈیش پیرو آکسیڈیس (تھرمو سائنٹیفک اینڈ جی ای ہیلتھ کیئر روچیسٹر، NY، USA) کو کمرے کے درجہ حرارت پر 1 گھنٹہ کے لیے 5000∶1 میں ملانے سے پہلے دھویا گیا۔ . گھوڑے کی مولی کے پیرو آکسیڈیز (پرومیگا میڈیسن، WI، USA) کے لیے بینڈ کو دیکھنے کے لیے پانی سے کلی کرنے اور 3,3′,5,5′-tetramethylbenzidine اسٹیبلائزڈ سبسٹریٹ لگانے سے پہلے پٹیوں کو مزید تین بار دھویا گیا۔ BGH4 سے پلازما، ایک مشہور SFV مثبت انسان20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al. ایشیا میں سمین فومی وائرس کی زونوٹک ٹرانسمیشن کے متنوع سیاق و سباق۔ ایمرج انفیکٹ ڈس2008؛ 14:1200–1208۔ [Crossref]، [Google Scholar] کو ایک مثبت کنٹرول کے طور پر استعمال کیا گیا۔ پورے خون سے DNA الگ تھلگ کل جینومک DNA کو مینوفیکچرر کے پروٹوکول کے مطابق QIAamp DNA بلڈ منی کٹ (Qiagen) کا استعمال کرتے ہوئے انسانوں کے پورے خون سے نکالا گیا۔ ہم نے پورے خون کے 200 µL سے ڈی این اے نکالا۔ پیوریفائیڈ ڈی این اے کو 200 µL بفر AE.PCR ایمپلیفیکیشن آف جینومک DNAA سے الگ تھلگ DNA کے کل 15 µL بفر AE.PCR ایمپلیفیکیشن میں الگ تھلگ ڈی این اے کو دو راؤنڈ پی سی آر کے ذریعے گیگ یا پول کے ٹکڑوں کے پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ پہلا راؤنڈ پی سی آر گیگ اور پول پرائمر دونوں کے ساتھ ملٹی پلیکس ری ایکشن تھا (پرائمر کی ترتیب: G1 (+)(nt 114–134، SFV1 GeneBank کی ترتیب NC_001364 NC_001736 سے لیا گیا) (−) (nt 5–3) 2′-CAG GAA GTA CTC GGG G-1451′؛ P1433 (+) (nt 5–3) 1′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-5179′؛ P5200 ( −) (nt 5–3) 2′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG)-5768′۔ رد عمل کو 95 منٹ کے لیے 3 ° C پر منقطع کیا گیا، اس کے بعد 95 s کے لیے 30 ° C کے دو چکر، 38 منٹ کے لیے 1 ° C، 72 منٹ کے لیے 1 ° C، پھر 25 s کے لیے 95 ° C کے 30 چکر۔ 52 منٹ کے لیے 1 °C اور 72 منٹ کے لیے 1 °C۔ پانی کو منفی کنٹرول کے طور پر استعمال کیا گیا۔ PCR پروڈکٹ کا 2 µL دوسرے راؤنڈ PCR کے لیے بطور ٹیمپلیٹ استعمال کیا گیا تھا۔ یا تو گیگ یا پول پرائمر (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3′؛ G4 (−) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′ P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 ′ P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3′) کا استعمال انفرادی ٹکڑوں کو بڑھانے کے لیے کیا گیا تھا۔ رد عمل کو 95 منٹ کے لیے 3 ° C پر تبدیل کیا گیا، اس کے بعد 35 s کے لیے 95 ° C کے 30 سائیکل، 52 منٹ کے لیے 1 ° C اور 72 منٹ کے لیے 1 ° C۔ گیگ اور پول کے لیے PCR مصنوعات کے متوقع سائز بالترتیب 1235 bps اور 390 bps ہیں۔ گیگ کے ٹکڑوں کی کلوننگ اور ترتیب FV PCR مصنوعات کو مینوفیکچرر کے پروٹوکول کے مطابق QIAquick جیل ایکسٹرکشن کٹ (Qiagen) کا استعمال کرتے ہوئے جیل صاف کیا گیا تھا۔ صاف شدہ ٹکڑوں کو TOPO-TA کلوننگ ویکٹر (انویٹروجن، کارلسباد، CA، USA) میں باندھ دیا گیا اور Escherichia coli TOP10 قابل خلیات (انویٹروجن) میں تبدیل کر دیا گیا۔ ہر گیگ نمونے کے لیے ایک سے زیادہ سنگل کالونیوں کا انتخاب کیا گیا تھا اور پلاسمڈ ڈی این اے کو صاف اور ترتیب دیا گیا تھا۔ M13 فارورڈ اور ریورس پرائمرز کے ساتھ ساتھ یونیورسٹی آف واشنگٹن جینومکس فیسیلٹی یا جین ویز انکارپوریشن کے ذریعے گیگ کے لیے اندرونی فارورڈ اور ریورس پرائمر کا استعمال کرتے ہوئے ترتیب کو انجام دیا گیا۔ (سیٹل، WA، USA)۔ وائرل تناؤ کو چھوٹے حروف کا استعمال کرتے ہوئے ان جغرافیائی جگہوں سے ممتاز کیا جاتا ہے جہاں انسانوں یا مکاکوں کے نمونے لیے گئے تھے (مثال کے طور پر، دھامرائی ایک مطالعہ کی جگہ ہے جہاں دھامرائی کے بنیادی تناؤ کا پتہ چلا تھا۔) RNA کو buccal swabs سے الگ کرنا منجمد buccal swab کے نمونے BLT میں (کیجین) کو 37 ° C پر 15 منٹ کے لیے RNaseOUT ربنکلیز انحیبیٹر (Invitrogen) کے 40 U اور RNase فری DNase I (Promega) کا 1 U RNA نکالنے سے پہلے پگھلا دیا گیا۔ RNeasy Mini Kit (Qiagen) کا استعمال کرتے ہوئے معیاری پروٹوکول کے مطابق کل RNA نکالا گیا تھا۔ RNA کا دوبارہ علاج RNaseOUT کے 40 U اور RNase فری DNase I کے 1 U کے ساتھ 37 ° C پر 1 گھنٹے کے لیے کیا گیا۔ اس کے بعد انزائمز کو غیر فعال کرنے کے لیے نمونے 65 منٹ کے لیے 15 ° C پر لگائے گئے۔ RNA کو بعد کے استعمال کے لیے −20 °C پر ذخیرہ کیا گیا تھا۔ بکل سویب RNART-PCR کا ریورس ٹرانسکرپشن-PCR (RT-PCR) buccal swab RNA سے جزوی گیگ سیکوینس (1235 bp) کو کلون کرنے کے لیے انجام دیا گیا تھا۔ اولیگو (dT) 18 پرائمر کا استعمال کرتے ہوئے مینوفیکچرر کے پروٹوکول کے مطابق تھرمو اسکرپٹ RT-PCR سسٹم (انویٹروجن) کا استعمال کرتے ہوئے فرسٹ اسٹرینڈ سی ڈی این اے کی ترکیب کی گئی۔ RT کے رد عمل کو 85 ° C پر 5 منٹ کے لیے غیر فعال کر دیا گیا۔ نتیجے میں آنے والے سی ڈی این اے کو دو راؤنڈ پی سی آر کے سانچے کے طور پر استعمال کیا گیا جیسا کہ اوپر بیان کیا گیا ہے پورے خون کے FV گیگ ایمپلیفیکیشن کے لیے۔ تجزیہ کلسٹرنگ کے طریقے اور ہائپر میوٹیشن تجزیہ اس مطالعے میں جانچ کے تحت APOBEC3-ثالثی ہائپر میوٹیشن کے شواہد کی نمائش کی۔ اس سرگرمی کا مکمل تجزیہ Matsen et al میں پیش کیا گیا ہے۔ (غیر مطبوعہ) اس تجزیہ نے ہائپر ٹرانسمیشن کے مشتبہ کالموں کو ہٹا کر ہائپر ٹرانسمیشن منفی ترتیب کی سیدھ پیدا کی۔ ان سیدھوں کو اس مطالعہ کے باقی تجزیوں کے لیے استعمال کیا گیا تھا، تاکہ ہائپر میوٹیشن اور حقیقی فائیلوجنیٹک سگنل کے تصادم سے بچا جا سکے۔ فائیلوجینیٹک تجزیہ فاسٹ ٹری 2.1.7.21 کا استعمال کرتے ہوئے ایک فائیلوجینیٹک ٹری کی تعمیر کی گئی تھی۔ فاصلاتی میٹرکس کے بجائے پروفائلز کے ساتھ بڑے کم از کم ارتقاء کے درختوں کی کمپیوٹنگ۔ Mol Biol Evol2009؛ 26:1641–1650۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar],22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2—بڑی سیدھ کے لیے تقریباً زیادہ سے زیادہ امکان والے درخت۔ PLOS ONE2010؛ 5:e9490۔ [کراسریف]، [ویب آف سائنس ®]، [گوگل اسکالر] اس درخت کو آرکیوپٹریکس (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx) کا استعمال کرتے ہوئے تصور کیا گیا تھا۔ اسی صف بندی سے، SplitsTree 4.12.823Huson DH، Bryant D. ارتقائی مطالعات میں فائیلوجنیٹک نیٹ ورکس کا اطلاق۔ Mol Biol Evol2006؛ 23:254–267۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] کا استعمال ایک اسپلٹس نیٹ ورک تیار کرنے کے لیے کیا گیا تھا۔ تناؤ کا تجزیہ تناؤ کی شناخت ہائپر میوٹیشن-منفی الائنمنٹ کو ایک تکراری ریسٹرنگ کلسٹرنگ الگورتھم کے ذریعے کرتے ہوئے کی گئی تھی۔ یہ پایا گیا کہ UCLUST v1.124Edgar RC کی ایک واحد درخواست BLAST سے زیادہ تیز رفتار کے ساتھ تلاش اور کلسٹرنگ آرڈرز۔ بایو انفارمیٹکس 2010؛ 26:2460–2461۔ [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] نے الگورتھم کی لالچی نوعیت کی وجہ سے ناقص کلسٹرنگ کے نتائج پیش کیے۔ UCLUST مصنف کے ذریعہ http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html پر تجویز کردہ ایک تکراری ریجنٹرنگ الگورتھم، نافذ کیا گیا جس نے اس مسئلے سے اچھی طرح نمٹا۔ کلسٹرنگ کے ہر دور کے لیے، پہلے راؤنڈ کے متفقہ سلسلے کو ایک غیر منسلک سیدھ کے اوپری حصے میں شامل کیا گیا تھا، کلسٹر سائز کی ترتیب سے سب سے زیادہ سے کم تک۔ اس تکرار کے لیے، کلسٹرنگ کلسٹر_smallmem کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی تھی، جس سے اتفاق رائے کے نئے سلسلے اور کلسٹر تیار کیے گئے تھے۔ یہ عمل دو بار دہرایا گیا۔ کلسٹر اسائنمنٹس کو ایک اسکرپٹ کے ذریعے مزید ٹھیک بنایا گیا جس نے ہر کلسٹر کا حقیقی سینٹرائڈ پایا، جیسا کہ کلسٹر میں ہر دوسرے تسلسل سے کم سے کم اوسط نارملائزڈ ہیمنگ فاصلہ کے ساتھ ترتیب کے ذریعہ بیان کیا گیا ہے۔ اس کے بعد اسکرپٹ کی جانچ پڑتال کی گئی تاکہ یہ یقینی بنایا جا سکے کہ ہر ایک ترتیب اس سینٹروڈ کے ساتھ کلسٹر ہے جس کے قریب ترین تھا (دوبارہ، جیسا کہ نارملائزڈ ہیمنگ فاصلہ کے ذریعہ بیان کیا گیا ہے)، ضرورت کے مطابق دوبارہ تفویض کرنا۔ یہ تکراری الگورتھم 97.77٪ کی حد کا استعمال کرتے ہوئے لاگو کیا گیا تھا۔ یہ حد، جب کہ ہمارے ساتھی مطالعہ میں استعمال ہونے والی حد سے تھوڑی زیادہ ہے، 15 فیروز ایم ایم، سولیوین کے، سمال سی ٹی ایٹ ال. ریسس میکاک کی آبادی کی حرکیات اور بنگلہ دیش میں اس سے وابستہ فومی وائرس۔ ایمرج مائکروبس انفیکٹ2013؛2:e29۔ [ٹیلر اور فرانسس آن لائن]، [گوگل اسکالر] ہائپر میوٹیشن کے مشتبہ کالموں کو ہٹانے کے نتیجے میں ترتیب کے تنوع کی کچھ حد تک کم مقدار کی بہتر عکاسی کرتا ہے۔ جیسا کہ اوپر ذکر کیا گیا ہے، وائرل تناؤ کو چھوٹے حروف کا استعمال کرتے ہوئے ان جغرافیائی مقامات سے ممتاز کیا جاتا ہے جہاں انسانوں یا میکاکوں کا نمونہ لیا گیا تھا (مثال کے طور پر، دھامرائی ایک مطالعہ کی جگہ ہے جہاں بنیادی طور پر دھامرائی کا بنیادی تناؤ پایا گیا تھا۔) شماریاتی طریقے آبادیاتی تغیرات کا شماریاتی تجزیہ جے ایم پی (ایس اے ایس انسٹی ٹیوٹ ، کیری ، این سی ، امریکہ) شماریاتی سافٹ ویئر پیکج کا استعمال کرتے ہوئے انجام دیا گیا۔ ہنگامی جدولوں کا تجزیہ R fisher.test فنکشن کے ساتھ کیا گیا۔25 R کور ٹیم۔ R: شماریاتی کمپیوٹنگ کے لیے ایک زبان اور ماحول۔ ویانا: آر فاؤنڈیشن برائے شماریاتی کمپیوٹنگ، 2012۔ [گوگل اسکالر] نتائج آبادیاتی ڈیٹا بشمول NHP کی نمائش 5 سال کی مدت، 2007-2011 کے دوران، 222 افراد سے حیاتیاتی نمونے جمع کیے گئے۔

ایک پیغام چھوڑ دیں 

پیغام کی فہرست